去年底彰化芳苑一處蛋雞場爆發禽流感疫情，家衛所實驗室報告指出，該雞場除H5N2病毒外，還有H6N1。專家說，如H5N2與H6N1同時感染同一隻雞，八條基因重新排列組合，無法排除重組成H5N1的可能性，防疫單位應加強監控。防檢局副局長黃國青說，目前未監測到H5N1病毒。
專家研判 雞場曾染過高病原
紀錄片導演李惠仁指出，根據二月一日的專家會議錄音檔，這家蛋雞場除檢出H5N2高病原與低病原的病毒外，也分離出H6N1，家衛所人員在高床雞舍檢出的H5N2病毒陽性率高達七十二％，H6N1為七十六％，至於傳統雞舍的H5N2病毒陽性率為七十三％，H6N1更高達九十六％，顯示雞隻普遍存在抗體。與會專家從實驗室報告認為，高病原禽流感應幾年前就在該雞場發生過了，病毒在雞場存在很久。
台大獸醫專業學院名譽教授賴秀穗解釋，如H5N2與H6N1同時感染一隻雞，在同一個細胞複製，就可能重組出H5N1病毒，不見得是低病原，說不定複製出很強的病毒。畢竟病毒變化很難掌握，尤其台灣雞隻對H5N2與H6N1普遍存有抗體，病毒更容易在有抗體的雞隻內出現變異。
雞染2病毒 恐複製更強病毒
中興大學獸醫系名譽教授謝快樂指出，H5N2從二○○四年就出現在台灣，H6N1存在更久。禽流感病毒的ＲＮＡ（核糖核酸）在複製時，常常「丟三落四」，因此容易出現變異，如果兩種病毒同時感染一隻雞，出現H5N1機率是有的，雖目前沒發生，但未來仍有可能，畢竟病毒變幻莫測。
由於彰化芳苑禽流感在去年十二月二十九日即檢出H5N2病毒，卻沒有在第一時間做移動管制，而且官方掌握到禽流感時已是疫情中晚期，恐造成病毒擴散。中研院副院長陳建仁認為，在雞隻撲殺前所有運銷的管道、車輛經過區域都應掌握，並廣泛監測，尤其在疫情高峰、防檢局未掌握前，死亡雞隻的流向也應一併調查。除H5N2、H6N1外，也應監測H5N1，對於本土化的病毒更應長期監測。
