日前爆發台塑集團，因質疑國立中興大學環境工程學系教授莊秉潔於公開場所，直指台塑的六輕排放一級致癌物砷、鎘，占中區總排放量四成以上，有其不實之處，故向該教授提出刑事及民事訴訟，引發外界抨擊台塑恐有迫害學術自由之嫌。
台塑集團表示，公司向來尊重任何學者的學術及言論自由；但學術自由應該是基於事實而發，並非可以毫無節制，任意而為。若是動輒以個人的臆測即擅自對外發表所謂的研究結果，以致引起社會恐慌，對企業形象造成傷害，則不但完全與學術自由無關，並且已經涉及刑責，這也是為什麼台塑企業會對莊秉潔教授提告的原因所在。
台塑表示，100年11月10日媒體報導國立中興大學環境工程學系教授莊秉潔在雲林縣政府公然指稱，根據環保署所公佈資料顯示，六輕排放一級致癌物砷、鎘，佔中區總排放量4 成以上，導致雲林縣沿海居民直腸癌、血癌的死亡率偏高等毫無事實根據的言論。事實上，環保署根本沒有莊教授所公佈之各項資料及基礎數據，當然更不可能提供所謂的這些資料給莊教授；經據此再請莊教授澄清說明，莊教授始改口說他是引用環保署委託中興工程顧問公司的調查報告數據。
台塑指出，但經公司仔細查閱該項報告發現，它的內容是在說明全國空氣中重金屬歷年的調查結果，並沒有針對那個工業區做深入研究，而且調查過程中所檢測的工廠煙囪都符合排放管制標準，中部地區空氣中的重金屬含量不但遠低於國家標準，還逐年下降，顯示環保署推動空氣污染防制有顯著成效；報告中不但沒有六輕排放量佔中部地區多少比例的資料，莊教授甚至刻意曲解報告原意，以個人的臆測指控六輕建廠導致癌症增加、六輕過去因為污染每年額外造成1686人死亡等無事實根據之言論，此顯然是故意散布不實言論，嚴重侵害本企業之名譽及形象，同時造成雲林沿海居民人心惶惶。
台塑表示，為此台塑曾於100年11月11日去函請莊教授說明及澄清指控內容之科學依據，惟並未獲莊教授任何回應；基於莊教授沒有事實根據的指控，已嚴重傷害台塑企業的形象，並且造成雲林沿海居民的恐慌，公司內部不得已於101年3月9日對莊秉潔教授提起民、刑事告訴，希望可以透過這次的司法程序讓社會大眾瞭解事實真相，也還給台塑集團、雲林沿海居民及社會大眾一個公道；民事部份相關的求償金額將全數轉捐給財團法人醫學研究機構進行癌症相關疾病研究。
台塑最終表示，日前聲援莊教授的相關個人及團體召開記者會強調學術自由不容打壓，隨後報章媒體亦多次出現財團惡整學者、恐引起寒蟬效應的投書，顯然對台塑集團為什麼向莊教授提出告訴的原因並不清楚；台塑集團再次強調絕對尊重學術界的研究報告與言論自由，但堅決反對利用學術自由之名而行不義之事。
