台塑集團指控中興大學教授莊秉潔，提出六輕工業區的研究毀損台塑名譽，向莊秉潔提起民事、刑事告訴。對此莊秉潔的委任律師根據檢察官的不起訴書指出，莊秉潔的研究沒有詆毀意圖，聲援的民進黨立委田秋堇認為，台塑六輕應該負起舉證責任，而非以司法影響學術自由。
二十一號第二次的民事庭即將開庭，莊秉潔的委任律師陳彥君根據檢察官的不起訴書表示，莊秉潔的研究沒有詆毀他人意圖。
『所以莊老師在那樣會議上，所發表的言論應該都是跟工安事件如何處理，如何防治有關，所以因此莊老師的研究、言論的動機都不具惡意，在我們法律構成要件上，他並無構成詆毀他人名譽的故意』
前來聲援的民進黨立委田秋堇，根據雲林縣政府所提供的資料指出，台塑應該去證明居民癌症高死亡率與六輕無關，而非指控學者。
『早期本來你看跟全國不相上下，但卻不斷上升，跟六輕沒有關係嗎，你六輕應該去證明跟這沒有關係，而不是說人家說有關係，你去告人家』
民間團體認為，台塑在美國可以建制汙染排放系統，但面對國內學者的相關研究卻提起告訴，呼籲全民要堅守環境資訊透明的權利。
