大學評鑑制度屢遭批評，中研院院士連署提案、建請總統馬英九正視評鑑問題，也建議從五年評鑑一次改為十年一次。教育部長蔣偉寧表示，教育部七月底前將公布新修正大學評鑑辦法，未來將開放大學改採「大學自評」，最快明年上路。
有感於國內大學評鑑循環週期太密集，導致大學疲於奔命、干擾學術空間，中研院院士林毓生今將於院士會議提案，建請政府修正評鑑制度；中研院副院長陳建仁、王汎森及張灝、邢義田、陳垣崇、吳茂昆等十多名院士都參與提案連署。
維持5年評鑑一次
林毓生指出，各大學為應付評鑑，會議一場又一場、文件堆積如山。王汎森認為應拉長週期，「否則大學不斷忙著評鑑行政作業，教授也跟著忙、擠壓教學研究空間」。
出席院士會議的教育部長蔣偉寧坦承，過去的評鑑確實較重指標，未來會往各校自評努力。目前有系所、校務、體育等各種評鑑，未來將進行統整，各校只要依據教育部的大項進行自我評鑑，預計七月底提出修正辦法，最快明年上路。首波鎖定頂尖大學、教學卓越大學等，讓各校依據研究型、教學型等特色，建構自己的自評機制。
中研院院士、清大校長陳力俊直言：「全面性且不分形式的評鑑，對整個高教提升的效益有限。」中研院院長翁啟惠表示，各校偏重領域不同，教育部應依各校的發展特質，而有多元化評鑑指標。
中研院院士、中興大學校長李德財指，科研指標ＲＰＩ值應該只是很多評鑑其中之一的參考，「只拿一個東西評鑑全部，非常不健康」。他支持大學依發展方向、自訂評鑑標準。王汎森則指出，若要開放大學自評，要有個宏觀的委員會來為各校評鑑指標把關。
至於評鑑頻率，蔣偉寧表示，初步仍維持五年一次，「大學校長平均任期四年或八年，若評鑑週期改為十年，一位校長任期中可能就無法一次遇到有系統的校務發展與評鑑」。
