馬總統提出兩岸不能聯手保釣三項理由，國內學者認為，馬總統明確宣示中華民國擁有釣魚台列嶼主權之堅定立場，盼各界理解我政府提出「東海和平倡議」精神，嚴防衝突造成區域安全問題，同時理性看待、擱置爭議，共同開發資源，才能行穩致遠，和平解決爭端，引領東亞走出紛爭與對抗。
實踐大學助理教授蔡裕明指出，日本作為美國在亞洲最重要的盟友，在釣魚台問題上，美國基本上仍支持日方，但依舊會避免與大陸產生摩擦。他說，「中」日若再持續交惡，擦槍走火機會大增，但無謂的衝突並未能徹底解決爭端。他認為，馬總統提出「東海和平倡議」，並堅持兩岸不聯手保釣，即是希望各方擱置爭議，以對話代替對抗，以溝通化解紛爭，共同維護東亞和平、穩定與繁榮，也符合國際社會的期待。
中興大學國際政治研究所教授蔡明彥表示，政府願意擱置爭議、促進東海和平，並非放棄主權論述，而是以最大共同利益為導向；至於馬總統所提三項理由，更直接證明中華民國擁有釣魚台主權，毋庸置疑，從歷史脈絡而言，我國在法理上立場堅定無誤，皆非「中」日所有。他認為，衝突無濟於事，更不能解決問題，「中」日雙方應理性看待問題，以和平方式解決爭端，才能開創雙贏或多贏的局面。
