自由經濟示範區拍板定案，農委會主委陳保基保證境內關外設計透過「前店後廠」方式可以建構整體農業價值，學者則憂心非台灣原料製成品可以ＭＩＴ標識出口，既傷台農產外銷，還摧毀台灣品牌。
陳保基表示，透過境外原料在自由經濟示範區讓農產加值，加工後再外銷，讓農業不再只是產品交易，而是建構整體農業加值。他更強調，日前經濟部估台灣加入跨太平洋夥伴協議（ＴＰＰ），農業年產值將減少新台幣七百億元的評述「不足採信」。
至於進口產品在自由經濟示範區加工後，掛上ＭＩＴ品牌外銷，會不會打壓到台灣農產品？陳保基以草藥、茶葉為例指出，台灣加工技術經得起檢驗，雖然兩者進口量都比國產多，透過「前店後廠」概念可以讓價值延伸，也因此並不考慮限制ＭＩＴ產品中台灣原料比例。
對此，中興大學應用經濟系特聘教授陳吉仲擔心，掛上ＭＩＴ的示範區產品，一定會衝擊使用台灣農產原物料生產的產品的外銷市場商機，分食台灣農特產品的外銷市占率，因為都掛ＭＩＴ，無法判別。
世新大學社發所助理教授蔡培慧表示，非台灣農產製成品標上ＭＩＴ，是摧毀台灣品牌，如果台灣凍頂烏龍茶卻是國外的茶葉，要消費者如何接受？
台大農經系教授陸雲表示，台灣將來與各國簽約時，開放市場不能避免，「真正的關鍵是我們準備好了沒？」如何對外談判、對於因應政策有沒有效都是掛勾在一起，「我們這方面的準備太少了，該擔心的是台灣根本沒有競爭力。」
