自由經濟示範區原本是為了台灣進一步貿易自由化,如為加入TPP等區域貿易自由化而先行先試,但是其條例的設計卻和原先的目的背道而馳。在自經區第四十七條條例中,符合第一類示範事業因營運所需之野生動物或其產製品,其輸入、輸出、飼養、繁殖、陳列、展示及買賣,由管理機關審查同意之;且不受野生動物保育法第二十四條第二項申請資格與利用之限制。此條例一通過,台灣大概是第一個開放野生動物買賣的先進國家,此不只違反華盛頓公約(CITES)的規定,更是違背加入TPP的基本責任,美國貿易代表署(USTR)在2011年所公佈的「保育綠皮書」(Green Paper on Conservation) 中,各國堅守野生動植物保育的法律、規定或措施是加入TPP的責任(Obligation)。在來檢視台灣加入TPP後可能進口的農產品,包括稻穀、蔬菜和畜產品,這些進口農產品用來做為食品加工的比例甚低,故宣稱為加入TPP而設計的自經區是一不實之說。